Lấy bối cảnh vào năm 2548, đã 300 năm kể từ khi Trái Đất mất liên lạc với tàu thuộc địa Ozymandias, trên đường đến a2. Bằng cách nào đó, con tàu đã xuất hiện trở lại gần Sao Mộc. Một nhóm có tên S.O.A.R. (Special Operations And Reconnaissance) được gửi lên tàu thăm dò Seyfert để điều tra. Khi Seyfert gửi một tàu con thoi để điều tra con tàu, vũ khí của nó đột nhiên kích hoạt. Một chùm tia phá hủy Seyfert và sau đó là tàu con thoi, giết chết gần như tất cả mọi người ngoại trừ Patrick Tyler, Sonya Hart, Commander Jacob Ranshaw, và McCoy. Patrick và Sonya gặp lại nhau ở bên ngoài con tàu và tiếp cận lần nữa. Phía trong con tàu bị bỏ rơi, mặc dù vẫn còn năng lượng hoạt động.

McCoy cũng vậy nhưng bị giết bởi một sinh vật giống Tyrannosaurus lớn đang đuổi theo nhóm. Con T. rex sau đó bị tấn công, hành hạ và giết chết bởi một đàn đột biến giống lươn. Sau khi đánh mở đường máu lọt qua các kho chứa hàng của con tàu, Patrick gặp một người sống sót, một cô gái tên Caren Velázquez. Sau khi gặp cô, cô chạy trốn trong sợ hãi. Patrick phát hiện ra Caren một lần nữa, nhìn vào khung hình chụp của cha cô, Tiến sĩ Miguel Velázquez. Patrick biết rằng cô đã ở một mình trong suốt 300 năm. Sonya phát hiện ra MTHR - hệ thống điều khiển của con tàu - đang tạo ra các sinh vật giống khủng long từ DNA của động vật trong kho để thay thế cho phi hành đoàn của con người. Khi Patrick nói với họ rằng anh ta đang tắt MTHR, Caren mở cửa và bỏ chạy ngay.

Khi Caren và nhóm nghiên cứu nhanh chóng rời khỏi phòng thí nghiệm, họ bị tấn công bởi một con Ankylosaurus đột biến được gọi là Regulus. Jacob hy sinh thân mình để giết chết con quái vật này bằng cách ném lựu đạn vào miệng nó. Tại thời điểm này, nó mới tiết lộ rằng Caren thực ra là một android. Sau đó, cùng một con thú xuất hiện trở lại, biến sự hy sinh của Jacob là vô ích. Không còn sự lựa chọn nào khác, Patrick phải kết liễu Regulus mau chóng. Caren tìm cách sửa chữa con tàu, cứu Patrick khỏi bị khuất phục trước các hệ thống môi trường bị hỏng. Patrick quay trở về Energy Core để khởi động lại nó, nhưng căn phòng bị hư hại nghiêm trọng khi một con Spinosaurus đột biến đâm xuyên qua tường, lấp đầy khu vực bằng nước làm mát.

Sau khi chiến đấu với sinh vật này, nhóm nghiên cứu chạy đến khu vực MTHR khi lõi bắt đầu đi vào tình trạng hỗn loạn. Khi họ đến khu vực này, MTHR và Engine Sectors tách rời khỏi Front Deck, Shaft và Energy Sector, bị phá hủy bởi rò rỉ hạt nhân. Các động cơ sớm kích hoạt một hệ thống khẩn cấp và bước nhảy vượt không gian xuống Trái Đất. Patrick gặp MTHR và hỏi cô ấy. Sau đó, anh ta cố gắng ngăn chặn máy tính chính của MTHR nhưng cô lại mở một cửa hầm khác thả con Spinosaurus lần thứ hai. Sau khi đánh bại sinh vật, Patrick cố gắng ngăn MTHR gửi khủng long đến Trái đất và chiến đấu với cô, cuối cùng phá hủy hệ thống của cô, gây ra hậu quả tai hại cho con tàu, khiến nó kích hoạt chuỗi tự hủy. Câu nói cuối cùng của MTHR là "Tôi chỉ muốn hoàn thành nhiệm vụ của mình."

Patrick is được đoàn tụ với Sonya và Caren khi họ cố gắng trốn khỏi con tàu thông qua một tàu con thoi thoát hiểm, nhưng họ bị tấn công bởi "Cebalrai", một con Giganotosaurus hai đầu. Con thú nhảy lên bục và đuổi theo bộ ba xuống phía dưới bục. Khi Patrick chạy, Cebalrai đập đầu trái vào anh ta và ném anh ta vào tường, khiến anh ta không thể với được súng. Caren dụ dỗ sinh vật về phía mình. Patrick cố gắng ngăn cô lại, nhưng một cú đạp của Cebalrai khiến cho bục Caren và con quái vật đang đứng sụp đổ. Cả Caren và Cebalrai đều rơi xuống vực thẳm - khiến Patrick mất tinh thần. Sau khi đánh bại một con T. rex khác, Patrick và Sonya kịp thời trốn thoát trước khi con tàu tự hủy. Nhưng Cebalrai, lại sống sót trong chân không, đã trèo lên mũi tàu con thoi. Patrick bèn tự mình lên tàu hòng tiêu diệt con "quái vật di truyền" này trong trận đánh cuối cùng. Lúc đang giao chiến ác liệt, Cebalrai bỗng dưng mọc một cái đầu thứ ba và Patrick buộc phải sử dụng "Final Wasp," làm suy yếu sinh vật này và tống cổ nó bay vào vũ trụ.